Situado (1) en la nave de "El Evangelio" está compuesto por un altar de mármol con piedras nobles y un retablo barroco de la escuela sevillana de finales del siglo XVII.

El retablo está estructurado en zócalo, cuerpo (abierto para mostrar la imagen central de San Francisco ubicada en un camerín), dos calles y ático. Las calles están enmarcadas por columnas salomónicas de pámpanos con racimos de uvas negras y estípites.

Está coronado por un escudo de la Orden Capuchina como también lo está el Altar Mayor.

Según Jesús Miguel Sáez Cazorla, este retablo de San Francisco con toda posibilidad sea el altar mayor de la antigua Iglesia de San Miguel (1596–1601), al presentar decoración en su altar y estar orientado conforme los cánones de la iglesia, es  decir con el oficiante mirando a oriente. Otra característica de esta deducción es que disponga del citado escudo de la Orden.
 
Este retablo de estilo barroco, según nos cuenta Antonio Bravo (Revista Trápana nº1), es el único que ha mantenido su verdadera simbología inicial.