La planta de la iglesia orientada de norte a sur está formada por tres naves, separadas por cinco pilares (de 1,40 metros por 1,00 metro de base) a cada lado de la central, unidos por arcos de medio punto con dovelas que forman arquerías. Éstas soportan el muro de sustentación de una bóveda de cañón con arcos fajonados y lunetas para ventanas que se abren encima de los arcos.

La nave central, en su extremo norte, queda rematada por un escudo papal que debería de ser de Alejandro VII, pero en realidad es de uno de los Médicis y con toda probabilidad se trajera de Andalucía colocándose en una de las restauraciones del templo sobre el centro del arco triunfal que da paso al Presbiterio. Y, en el extremo sur, por el vestíbulo de la puerta de entrada con plataforma para un coro sobre ella.

A los otros lados de las columnas, y arrancando de los arcos de medio punto, desarrollan cuatro bóvedas de aristas, consecutivas, que crean la cubrición de cada una de las dos naves colaterales simétricas. Estas naves cuyas dimensiones en planta son de 4,60 metros por 24,20 metros, al llegar a su segunda bóveda de arista que se alejan del altar mayor, forman capillas rectangulares, de 5,60 metros por 5,80 metros, cuya abertura es un arco de medio punto en los muros de cerramiento del conjunto.

Estas capillas quedan rematadas por cuatro pechinas que soportan cúpula circular con linterna. Al carecer de tambor, abren en las paredes laterales ventanas a la altura de las pechinas y bajo éstas se sitúan puertas que dan acceso a las sacristías.

En el muro frontal de las capillas, donde se sitúa un altar, existe un hueco que tras de si alberga un camarín de forma hexagonal por el cual se accede, mediante una escalera que desemboca en la sacristía lateral.

En la tercera bóveda de las naves laterales se encuentran hornacinas en el muro de cierre con altar en su base.

Conjuntamente a las paredes del vestíbulo quedan situados el Baptisterio y la subida al coro, quedando el primero en la nave lateral oeste y la subida en la del este.

El prebisterio presenta la misma distribución en su forma que las demás capillas, salvo que su bóveda es ovalada y no tiene linterna. Su camarín, al igual que los anteriores es hexagonal, diferenciándose en sus mayores dimensiones y en los dos huecos de ventanas practicados en sus caras posteriores que dan al exterior, a los lados posteriores de la imagen de la Virgen de la Victoria patrona de la ciudad, que en este lugar se sitúa. Texto de Jesús Miguel Sáez Cazorla